经过多年发展，特别是近十几年的快速发展，我国已成为世界磷复肥生产、消费和出口大国，不过也暴露出磷复肥产业大而不强、产能过剩、盈利能力弱等问题。近期国家提出了农产品提质增效的目标和化肥减量提效的发展要求，未来3~5年将是磷复肥行业重要的转型时期。 磷复肥行业的产业结构调整要紧紧围绕控制产业总规模、优化产业结构(包括原料结构、产品结构、组织结构和生产布局)、增强自我创新能力、提高资源利用效率、加强环境保护和安全生产进行。
规模上，到“十三五”末，磷肥产能要控制在2400万吨/年以下，以市场化的手段淘汰部分能耗、物耗高，管理水平差，存在安全和环保隐患的企业，逐步将行业产能发挥率提高到80%。
原料结构调整上，一要多渠道增加国内硫资源的供应量，力争对外依存度下降5个百分点;二要加大中低品位磷矿利用量，磷矿浮选的入选磷矿品位下降2~4个百分点，提高磷资源利用效率;三要开发磷矿浮选尾矿再利用的新途径。
产品结构调整方面，要稳定基础肥料的发展规模，扩大终端肥料产品如水溶肥、缓(控)释肥料、有机—无机肥料、液体肥料、专用肥料等肥料品种的应用范围，肥料利用率提高3~5个百分点;扩大湿法磷酸精制规模，加大精制磷酸的后加工力度，丰富磷肥企业磷化工的产品结构;完善和提高半水法、半水—二水法湿法磷酸生产工艺，不断扩大应用范围;提高氟硅资源回收利用产业化水平，研究开发中高端氟硅制品。
产业布局调整方面，要继续实施基础肥料生产以资源产地为主，终端肥料靠近市场的布局调整思路。在组织结构调整上，要引导现有磷复肥企业实施矿肥结合、矿化结合、肥化结合、酸化结合，发展与磷肥相关产业;同时鼓励对纵向和横向的相关企业兼并重组，组建多产业结合的大型综合性企业集团公司，提高企业综合实力和应对市场风险的能力。
节能减排上，一要实现磷铵生产废水零排放;二要积极开发和推广磷石膏无害化预处理技术及生产新型石膏建材产品技术，不断提高磷石膏综合利用水平，磷石膏利用率力争达到年产生量的40%。
此外，要想实现行业健康可持续发展，还需要有一些政策措施予以保障。
譬如，严格市场准入，建立落后产能退出长效机制，保持总供给与总需求的基本平衡;同时加快肥料产业市场化进程，为行业创造宽松的国内外市场竞争环境。
发展高效、环保型肥料，深入开展测土配方施肥，大力发展增效肥料、功能性肥料和作物专用肥，减少肥料使用量，实现行业提质增效。
加快提升科技创新能力，组建一批引领行业技术创新的研发合作平台，在各项政策上予以扶持，力争在肥料增效技术、大型磷矿浮选装置、精细磷酸盐加工技术、磷石膏预处理及化学法处理技术等方面有所突破;鼓励依托产业优势发展湿法磷酸精制及深加工等新产业链，形成“坚持化肥、走出化肥”的特色产品结构。
着力推进绿色发展，全面实现节能减排目标，同时推动各种伴生资源回收利用和废水、废弃物的综合利用。
积极推进两化深度融合，搭建电子商务平台，创新商业服务模式;建立健全行业监督及产品追溯系统，杜绝假冒伪劣，提升企业品牌效益;以能源管理为突破口推进智能化应用，提高企业劳动生产率、安全运行能力、应急响应能力、风险防范能力和科学决策能力。
大力加强农化服务，主动适应农业深化改革和集约发展的新要求，构建集测土配方、套餐肥配送、科学施肥技术指导、农技知识咨询培训、示范推广、信息服务等为一体的农化服务网络体系，创新农化服务模式。
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