市场化的步伐先从化肥价格开始。2005年7月，国家发改委出台的《改革和完善化肥价格调控机制的方案（草案）》就明确提出，要坚持市场化改革取向，全面放开化肥价格。2008年年底，国务院常务会议研究确定了“化肥改革国六条”，建立以市场为主导的化肥价格形成机制成为改革的方向。 在化肥价格市场化的同时，国家依然保留了许多优惠政策保证化肥行业发展的稳定性。化肥行业享受的政策优惠较多，例如优惠电价、优惠天然气价、限制煤价上限、化肥运输价格优惠及对化肥产品的价格直补政策等，不同程度上降低了化肥企业生产和销售成本。2009年开始，国家通过进出口调控、淡季储备、完善农资综合补贴、提高粮食最低收购价等一系列措施，促进了化肥生产和流通行业快速发展。
然而，随着我国经济水平的逐步提升，天然气、电力、运输等化肥能够享受优惠的行业，同样在加快市场化进程。特别是十八届三中全会的召开，确定了市场化改革的方向，各行各业全面向市场调控进发。同时，近年来化肥行业发展迅猛，“产能过剩”逐渐取代“供不应求”，成为化肥市场的主调。面临新的形势，重新定位化肥的产品属性，逐步通过减少与其它产品相比的优惠空间来加快化肥产业市场化的改革。
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