疫病是保护地韭菜的主要病害。受害部位均出现水渍状，叶片与花苔病部为深绿色，而根与鳞茎则为淡褐色，病部均无明显边缘。潮湿时病部产生白色稀疏的霉，干燥时病叶变成枯黄色。染病的植株根、茎软腐不能正常吸收水分和养分，致使地上部分折倒或干枯。疫病的发生与排水有关，防治时要注意排水降湿和轮作，在发病初期可用25%瑞毒霉600倍液，或58%甲霜灵锰锌500倍液或40%乙磷铝200-300倍液每亩用药液40-50千克，7-10天一次。