有机肥生产过程中，由于原料主要来自于养殖业、农产品及食品加工残渣、工业糟渣等，这些原料在贮存以及发酵过程中不可避免地会产生污水/渗滤液、臭气等，设备机械的运行产生噪音、有机肥的烘干粉碎等深加工易产生粉尘和异味气体等。 下面主要介绍几种有机肥臭气处理的方法：
有机肥生产过程中的臭气来源：有机肥生产中的臭气主要来自原料腐烂变质、有机肥发酵和有机肥烘干等。有机肥生产中的恶臭物质种类多，来源广泛，一般有氨味、硫化氢味等等，对人体呼吸、消化、心血管、内分泌及神经系统都会造成不同程度的毒害，某些臭气即使无健康上的危害，也存在对人精神或情绪上的刺激与影响。
堆肥过程中臭气产生阶段：主要产生于发酵的最初阶段，由于易分解有机物质的快速降解消耗大量氧气，从而造成局部缺氧而产生小分子有机物质和硫化氢等。此时，由于pH较低不易产生氨挥发，大约1-2周后，随着堆肥pH值升高而出现大量氨挥发。此时，堆肥已逐步完成堆肥一次发酵。
堆肥过程中臭气抑制与消除：通过调节材料的通气性、增加通风量和添加吸附材料等均可在一定程度上抑制臭气的产生。但是，由于发酵材料数量大、臭气产生集中和场地相对封闭等原因，致使发酵场地内臭气浓度极高，有时场地内氨浓度高达300mg/L以上。这也造成了大量养分的损失。需要采取措施收集和处理。
建厂时，配套建设除臭装置或采取除臭措施：近年来，随着环境污染治理逐渐完善，臭气污染投诉越来越多。国家对挥发性有机物的污染问题越来越关注，在工厂设施建设时，同时建立适当规模的除臭装置是防止空气污染和减少与周边居民发生纠纷的根本。如果无视除臭对策，等与周边居民发生了纠纷或被环境部门批评后再进行建设，那时所花的费用将更多。
目前，消除臭气的方法有很多种，如水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等。
生产上用的较广泛的一种就是生物除臭法，此种方法则是在生物的作用下，通过生物化学反应来分解、转化臭气成分以达到除臭目的。目前，应用最多的是利用微生物来处理臭气。因此，也叫微生物除臭法。这种方法最大的优点是运转成本低、节省能源与资源和易于维护等。
最近即将出台的环保税法，或将成为有机肥生产企业头上的“达摩克利斯之剑”。短期来看，环保税的征收将一定程度上增加企业的税负负担，但长远来看，这对整个有机肥行业来说是一个利好的消息，目前有机肥行业市场混乱，产品同质化严重，恶性竞争激烈，假冒伪劣产品以次充好，扰乱市场，如果加大环保方面的治理力度的话，对于有机肥行业来说，有助于促进行业生产技术更新，有利于行业转型升级发展。另外目前有机肥市场乱象的主因是小企业太多，而且缺乏资金去上环保设备，如果加大环保力度，剩余一些行业精英去公平竞争，这将利于有机肥行业健康发展，有利于子孙后代的可持续。
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