眼下正是大棚高温闷棚、消毒灭菌的时候，不少农户有疑问，有机肥应该在什么时候用呢？闷棚前还是闷棚后？如果在土壤闷棚消毒前施用，养分是否有损失呢？ 正确答案是：有机肥通常应该在土壤消毒闷棚前施用。分析原因如下：一是未完全腐熟的有机肥料经过闷棚处理，会得到进一步腐熟；二是有机肥料中的病原菌、害虫等有害微生物经过高温闷棚处理，基本上被杀灭，不会再对作物产生危害；三是超过有效期的微生物菌肥、生物有机肥也应当在土壤闷棚消毒前施用，以防杂菌污染消毒后的土壤。
不能否认，土壤消毒前施用有机肥对养分是有损失的，尤其是肥料中的氮素，损失会更大一些，对磷和钾则影响不大。在通过消毒使有机肥养分损失与杀灭有机肥料可能带病菌之间抉择，就是宁损失点养分也不要消毒后再施用带病菌的有机肥料。
需要补充一点，在高温闷棚灭菌时，土壤表层的有益菌和有害菌其实都是会被杀死的。故而，菌肥应该在闷棚后使用。否则，表层土壤内的生物菌处于“空仓期”，土壤深层的有害菌还是会涌上来的。高温闷棚后，适当增施菌肥，能有效抑制根部病害发生。
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