近几年来，在农业生产中，过量注重使用无机肥料，轻视有机肥的使用，使得土壤物理、化学、生物形状发生了很大的变化，突出表现在以下7个方面：酸、瘦、馋、杂、脏、咸、板。我国土壤有机质含量下降，土壤有机质品质老化、活性降低、更新速度慢，作用减弱；土壤中养分：氮、磷、钾之间不平衡，氮、磷、钾与中微量养分之间不平衡，中微量养分缺乏或被土壤固定。有机无机粘粒复合胶体，各营养元素处于高分子整合态，吸附解析，释放均衡高效，养分、水分随用随取，使土壤稳、匀、足、适的对植物供应水、肥、气、热。土壤中水、气共占一个空间，二者很容易出现矛盾，造成土壤板结植物根系生长受阻；中、微量元素肥料的施用未引起足够的重视，造成养分不平衡加剧，蔬菜生理病害增多. “板结”主要原因： 1、有机质低缓冲性差，2、土壤结构破坏化肥，3、大水漫灌，4、无深耕细作；危害：1、不透气水份低，2、保水保肥性差，3、根系生长受阻。
当前土壤耕层存在的问题：
土壤耕层变浅，犁底层上移、加厚，影响降水潜入土壤深层、阻止根系下扎，不利于蓄水保滴和根系对深层土壤水份的吸收利用。原因：耕层变浅，犁底层加重，活土量减少，土壤结构变差，生产能力下降。有机无机粘粒复合胶体是土壤团粒体的重要胶结剂，在钙离子的作用下，能够形成稳定性团粒结构，调节水气热平衡，使土壤变得疏松通气保暖，更具有保湿保温性能；超浓度高效的有机无机复合胶体金利，报酬递减并威胁环境。
我国土地施肥存在的问题是：
重数量、轻质量、重无机、轻有机，造就化肥增产效果逐渐降低；氮肥平均利用率为30%~35%，磷肥平均利用率为10%~20%，钾肥平均利用率为35%~50%；发达国家氮磷钾肥利用率均达到50%左右。土壤酸化滋生真菌，青枯根、腐根、肿病、线虫害加重；氢离子对吸收其它阳离子生产拮抗作用，土壤结构被破坏，土壤板结，各种离子大量析出对作物产毒害作用。优势微生物具有：土壤抗性，物质转化，土壤健康，环境容量，养分循环，缓冲性能。
土壤污染的因素有：
农用残膜、放射性元素、病菌物质，重金属、抗生素、化肥农药，影响农作物生长和农产品品质进而影响人类健康。
在我国肥料发展史中，出现过三个不同的发展阶段：
第一阶段为70年代前氮制约阶段；那时开始使用氨水、碳酸氢铵、硫酸铵等；第二阶段为70之90年代间磷制约阶段，此阶段开始认识并使用过磷酸钙、钙镁磷肥、磷酸二铵等；第三阶段为90年代至本世纪初钾制约阶段，此阶段开始认识并大量开始使用复合肥和配方肥。而现阶段则是碳和中、微量元素制约阶段。为什么这样说呢？因微生物在土壤中活动，除具备合适的水分、温度、酸碱度等重要的是具备合适的碳氮比。一般微生物活动适宜的碳氮比为25-30之间，过大微生物分解速度慢，过小分解速度快，而现在土壤有机质含量低，碳含量少，在一定程度上影响了微生物的活动。
由此微生物肥料在当今显得特别重要：
一、枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
二、巨大芽孢杆菌：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
三、胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
四、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。
五、苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
六、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。
七、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
八、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
九、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
十、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
十一、光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
十二、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
十三、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
十四、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。复合菌三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。
有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
1、促进快速生长：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。
2、调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂，经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用。
3、提高品质：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高，提高可溶性糖度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸、维生素和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
4、分解有机物质和毒素，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造速效养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。
5、保护土壤根基环境：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根基营养和资源，使重茬、根腐病、立枯病、流胶病、灰霉病等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。
6、增强作物的抗逆性：菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力;同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，使作物抗病，抗虫。
五类复合微生物菌群具有：促进快速生长、调节生命活动、提高果实品质、分解毒素防止重茬、增强抗逆性；促进微生物的生长，加速腐熟过程，缩短腐熟期，腐熟效果好，使用后缓解了重茬死苗的问题。
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