化肥在农业生产中起着举足轻重的作用，具有养分含量高、肥效快、易保存等多种功效，但是，我们在施用化肥的同时还应该认识它的弱点和负面作用： 养分不齐全。一般化肥不含有机质，成分比较单一，只含一种或两三种养分。即使复合肥料可以增加多种养分，也很难做到像农家肥料那样的全面性。
局限性。化肥对土壤、作物存在局限性，即适用性问题。使用化肥要选择，才能获得满意的效果，不然会事与愿违。比如氯化铵不能用于烟草、甜菜、甘蔗等忌氯作物；石灰氮不宜用于碱性土壤等。
重金属和有毒元素有所增加，直接危害人体健康。产生污染的重金属主要有Zn、Cu、Co和Cr。从化肥的原料开采到加工生产，总是给化肥带进一些重金属元素或有毒物质。
导致土壤酸化加剧，pH值变化太大。
当前，农家肥料依然是农业上一个重要的肥源，因此在农业生产中应该科学施肥，注重农家肥料与化学肥料相互取长补短，相得益彰。
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