番石榴肥料之施用应以缓效性有机肥料为主，化学肥料为辅。有机肥料范围很广，包括植物质、动物质及动物排泄物等。有机肥料成分极为重要，常用的有米糠、蓖麻粕、菜籽粕、黄豆粉、花生粕、废弃稻壳、甘蔗渣、废弃菇类木屑、泥炭、动物性毛骨粉、牛粪、鸡粪、猪粪尿、鱼精、海藻精及蚵粉等。使用市售袋装腐熟完全的有机肥料，应注意有的堆肥中混入了尿素、硫酸铵、磷矿石粉或硅酸炉渣等其他物质，甚至有化学成分浓度高造成肥害的现象。黏质土壤有机质含量低者，建议使用纤维成分较高的有机质，因其碳氮比值较高，分解速度较缓慢，长期施用可逐年增加土壤有机质含量，以改善土壤理化性。以禽畜粪为主体的有机肥因氮、磷含量比较高，且所含铜、锌等重金属含量较高，不宜长期使用。