1、持续发展原则。绿色食品生产中应使用的肥料应对环境无不良影响有利于保护生态环境，保持和提高土壤肥力及土壤生物活性。

　　2、安全优质原则。绿色食品生产中应使用安全优质的肥料产品生产安全优质的绿色食品。肥料的使用应对作物(营养味道品质和植物抗性)不产生不良效果。

　　3、化肥减控原则。在保障植物营养有效供给的基础上减少化肥用量兼顾元素之间的比例平衡。无机氮素用量不得高于当季作物需求量的一半。

　　4、有机为主原则。绿色食品生产过程中肥料种类的选取应以农家肥料、有机肥料、微生物肥料为主，化学肥料为辅。