大棚等保护地蔬菜，比露地蔬菜单位面积施肥量大得多，且因无雨水淋失，致使剩余的肥料大部分残留于土壤中，使土壤溶液浓度过高，妨碍根系吸收养成或损伤根系，所以设施栽培蔬菜，应充分考虑前茬肥料的后效，多施有机肥，适当少施化肥，避免因盐类积聚而使作物受害，从而进一步发挥保护地蔬菜的优势。蔬菜对土壤养分的吸收量，很大程度上取决于根系发育。一般根系入土深而广，须根多，根毛发达的蔬菜（如南瓜、冬瓜等），以及根系较大的蔬菜（如甜菜、胡萝卜、茄子等），能吸收较多的养分，并能在瘠薄的土壤上生长，施肥可以粗放些；而根系发育差，分布浅，吸收养分差的黄瓜、洋葱、莴苣等，必须栽培于肥沃的土壤上，且要精细施肥。