合理施用化肥促进农业增产已成为人们的共识。但是，如果化肥施用过量，不仅会危害作物、浪费资源，而且还会严重污染土壤和地下水源，甚至威胁生态平衡和人类身体健康，所以应当引起人们的足够重视。化肥污染问题以氮肥最为突出。化肥对环境的污染表现在以下几个方面： 1、破坏大气臭氧层。氮肥施入土中，有一部分可能经过反硝化作用，形成了氮气和氧化亚氮，从土壤中逸散出来，进入大气。氧化亚氮到达臭氧层后，与臭氧发生作用，生产一氧化氮，使臭氧减少。由于臭氧层遭受破坏而不能阻止紫外线透过大气层，强烈的紫外线照射对生物有极大地危害，如使人类皮肤癌患者增多等。
2、水体和地下水的富营养化。由于过量施用氮肥和磷肥，大量的氮、磷养分进入水体，可引起水体的富营养化，导致藻类等过量繁殖，藻类死亡后，遗体的分解使水体中的溶解氧大量被消耗，水体呈缺氧状态，水质恶化，造成鱼、虾死亡等严重后果。
此外，由于土壤中硝态氮的向下淋失，也会造成地下水的富营养化，硝酸盐含量达50毫克/升以上，大大超标。如果长期饮用这种超标的地下水，也会危及人体健康。因为在特定的还原条件下，硝酸盐转化为亚硝酸盐后，并可生成强致癌物质—亚硝胺，它对人类健康构成很大威胁。
应当指出，化肥对环境的污染是不合理施用化肥造成的，而不是化肥本身的罪过。我们不能因为化肥可能污染环境就不施用化肥，关键在于如何合理施用化肥
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