微生物肥料不能直接为作物提供养分，但可提供对作物生长有益的微生物，通过其分解，转化等作用，土壤中有很多养分才能被作物吸收利用。有益微生物含量少的土地，农作物必须的营养元素就不能被很好地吸收和利用。有针对性地使用微生物肥料，可以显着地提高土壤肥力，增加植物养分的供应量，促进植物生长。微生物肥料不能代替化肥和其他肥，也没有一种微生物肥料适用于一切地区。如果土壤的养分严重不足，仅靠微生物给作物提供养分是行不通的，所以在贫瘠的土壤里一定要配施有机肥和无机肥，不能单用微生物菌剂，在肥沃的土壤用此肥，可减少化肥施肥量，在过量施用化肥，土壤板结的地区，微生物肥料能使土壤恢复地力，改善土壤结构。