中国仅以世界耕地面积的百分之七养活世界五分之一的人口，提高单位面积产量和满足不断增加粮食的需求，是农业持续发展的需要。 肥料是植物的“粮食”，微生物肥料与有机肥料、无机肥料三者构成了肥料的总体，对作物生长各起不同的作用。施用有机肥料是农业生产的基本组成部分，是我国几千年传统的施肥方式，它不仅可以为农作物提供全面的营养，促进作物生长，而且还可以改良土壤物理、化学和生物性状，熟化土壤，培肥地力。只施用有机肥料，可以维持土壤肥力和一定的生产能力，但难以提高单位面积产量和满足不断增长的人口需要。化学肥料含有丰富速效的养分和能量，合理施用化肥，能使作物产量大幅度提高，在农业持续发展的现阶段施用化肥是必不可少的。
微生物肥料新版定义为：“是指特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。”这一定义明确指出微生物肥料是一种有机的生物活体，一种新型肥料。它不仅为农作物提供了生长所必需的各种营养元素，而且增加了土壤中有益微生物的活性，同时克服了化肥的过量施用和不平衡施肥造成的弊端。过量施用化肥会对自然生态造成破坏，如环境中硝态氮含量的增加，保护地的次生盐渍化，某些土壤结构的破坏，对蔬菜、水果品质的影响，最后造成化肥报酬率的降低和土壤退化。
微生物肥料又担负着土壤有机质向腐殖质转化的重任，增加土壤团粒结构，提高保水保肥能力，活化被土壤固化了的养分，提高了化肥利用率。同时微生物肥料中有益微生物向土壤分泌各种有益物质，生长刺激素、吲哚乙酸、赤霉素和各种酶，从而有效地促进养分的转化，减轻了土传病的发生，修复了污染的土壤。因此，微生物肥料可以说是绿色农业和有机农业的理想肥料，在农业可持续发展中有着广阔前景。
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