很多菜农都习惯在肥料价格较低时，一次购买大量的肥料存放起来以供全年使用。这种做法虽说可行，但是对于某一些化肥来说，就很不合适了。因为菜农没有专门的场所储存肥料，随意存放，会导致一些肥料在存储过程中受潮而降低肥效，如碳酸氢铵、硝酸铵等；生物菌肥等则因储存时间过长，会导致肥料中活性菌大量死亡，使用效果大打折扣。
从肥料的特性分析，化肥只要贮存得当，包装袋不破损、不被雨淋、不受潮、不与碱性物质混放，一般都可以长期贮存，因此国家目前没有化肥保质期的规定。例如尿素、过磷酸钙、硫酸钾等化肥在阴凉干燥的仓库里可堆放20年，除了肥料产生结块儿外，养分含量等指标没有任何变化。但如果被雨淋了，肥料的氮钾就会有流失；如果受潮了，肥料中氮素就会挥发损失；如果遇到碱性物质或裸露，还会导致磷肥的有效性降低。
尤其对于一些包装袋内没有薄膜内袋包装的肥料，在阴雨天时很容易受潮，导致肥效降低；同时尿素在储存时如遇高温，还会导致尿素产生缩二脲，如果肥料中的缩二脲含量超过2%就会对种子和幼苗产生毒害，不利于蔬菜的生长，所以肥料购买后不能随意存放，应将肥料放在阴凉干燥的地方，对于性质不稳定或者活性肥料，菜农则应现用现买，以防肥效降低。