堆肥的传统功能包括直接作用于作物营养和间接改土培肥，堆肥新功能的开发具有重要意义。堆肥新功能具有三大特点：通过调控土壤微生态预防病虫害；保水控肥，水肥齐调；通过缓释、促释进行双向控释，从而达到养分动态平衡。企业支持对堆肥的研发，可以把握技术制高点，抢先进行技术创新与集成，物化于产品。同时，堆肥性价比高、市场竞争力强，有助于企业抛开对手、建立蓝海战略，找准经济增长点。

在堆肥新功能中还有一个亮点，即对废物资源进行开发。可循环利用的废物有5类：食品加工废物，包括糖厂、酒精厂、味精厂的废液、废渣、滤泥；造纸厂的废液、废渣；食用菌渣、土霉素渣；市政污泥、餐厨污泥；以及秸秆、水葫芦（水浮莲）。前期可采用脱水、除臭、酸碱中和，有机污染物降解（使用鸡粪抗生素、 POPs），养分平衡——纵向横向平衡等方法对废物进行处理。处理废物也需要开发思路、扬长避短，用酸碱、干湿等方法以废治废。在处理污泥时需要克服脱水新技术。

植物生长过程中，番茄青枯病、香蕉黄叶病、姜瘟、黄瓜枯萎病、烟草花叶病等土传病害经常会造成连作障碍，并且用药难治。目前通常使用的方法是化学防治和抗病育种。化学防治主要使用喷施杀菌剂、土壤熏蒸等方法，但缺点是效果差，造成环境污染，病原菌抗药性，降低作物品质，危及食品安全。抗病育种同样耗时长，投入高，且抗病能力易受土壤环境变化及病菌变异而波动。因此，急需新技术进行生态调控、施肥防病。

堆肥的新功能在很多方面得到拓展。堆肥具有营养功能，调释放速率、缓释，促释双向调控；保水功能，施肥保水，水肥一体化调控；技术目标，增效减量、节支(资、能)、降污。技术创新可以达到新原料的创新，可利用滤泥、污泥、废液等工农业废弃物以及磷、镁、钾等低品位矿。加工技术得到创新。传统工艺包括高温高压、强酸加工，但需要使用高档原料，耗能较高，水溶性较高，因此有效性前高厚底；而新工艺科则采用温和反应，可适度水溶，做到持续施肥，达到更好的效果。